Die Schifffahrt in der Schweiz verursachte 2021 Gesamtkosten in Höhe von 0,5 Milliarden Franken. Darin enthalten sind die Kosten der öffentlichen Personenschifffahrt auf den Seen und Flüssen, die vor allem dem Ausflugstourismus dient, sowie die Kosten der Güterschifffahrt auf dem Rhein, die im Import- und Exportverkehr von einiger Bedeutung ist. Nicht berücksichtigt sind dagegen die Kosten der kleineren Vergnügungsschiffe und Sportboote, die Personenschifffahrt ohne festen Fahrplan sowie die Güterschifffahrt auf den Seen (Kiesabbau).
Die Kosten der Schifffahrt setzen sich vor allem aus Umwelt- und Gesundheitsschäden (49% im Jahr 2021) sowie aus den Kosten für den Kauf, den Unterhalt und den Betrieb der Schiffe (43%) zusammen. Die Infrastrukturkosten (7%) fallen dagegen wenig ins Gewicht, da die Schifffahrt in der Schweiz grösstenteils natürliche Wasserstrassen nutzt.
Grösster Kostenträger (49% im Jahr 2021) ist im Fall der Schifffahrt die Allgemeinheit, da diese fast vollständig für die Umwelt- und Gesundheitskosten aufkommt. Der Anteil der Verkehrsnutzenden betrug 2021 rund 36%, jener der öffentlichen Hand 15%.
